; ; File 'cpeptide.top' was generated ; By user: onbekend (0) ; On host: onbekend ; At date: Wed Aug 26 16:16:58 2009 ; ; This is your topology file ; "I'm Looking for a New Simulation" (Stone Temple Pilots) ; ; Include forcefield parameters #include "ffG43a1.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB 1 NL 1 LYSH N 1 0.129 14.0067 ; qtot 0.129 2 H 1 LYSH H1 1 0.248 1.008 ; qtot 0.377 3 H 1 LYSH H2 1 0.248 1.008 ; qtot 0.625 4 H 1 LYSH H3 1 0.248 1.008 ; qtot 0.873 5 CH1 1 LYSH CA 1 0.127 13.019 ; qtot 1 6 CH2 1 LYSH CB 2 0 14.027 ; qtot 1 7 CH2 1 LYSH CG 3 0 14.027 ; qtot 1 8 CH2 1 LYSH CD 3 0 14.027 ; qtot 1 9 CH2 1 LYSH CE 4 0.127 14.027 ; qtot 1.127 10 NL 1 LYSH NZ 4 0.129 14.0067 ; qtot 1.256 11 H 1 LYSH HZ1 4 0.248 1.008 ; qtot 1.504 12 H 1 LYSH HZ2 4 0.248 1.008 ; qtot 1.752 13 H 1 LYSH HZ3 4 0.248 1.008 ; qtot 2 14 C 1 LYSH C 5 0.38 12.011 ; qtot 2.38 15 O 1 LYSH O 5 -0.38 15.9994 ; qtot 2 16 N 2 GLU N 6 -0.28 14.0067 ; 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ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5 2 1 5 14 1 gd_14 1 5 6 7 1 gd_17 1 5 14 16 1 gd_20 5 6 7 8 1 gd_17 6 7 8 9 1 gd_17 7 8 9 10 1 gd_17 8 9 10 11 1 gd_14 5 14 16 18 1 gd_4 14 16 18 24 1 gd_19 16 18 19 20 1 gd_17 16 18 24 26 1 gd_20 18 19 20 21 1 gd_17 19 20 21 23 1 gd_20 18 24 26 28 1 gd_4 24 26 28 33 1 gd_19 26 28 29 30 1 gd_17 26 28 33 35 1 gd_20 28 29 30 31 1 gd_12 28 33 35 37 1 gd_4 33 35 37 39 1 gd_19 35 37 39 41 1 gd_20 37 39 41 43 1 gd_4 39 41 43 45 1 gd_19 41 43 45 47 1 gd_20 43 45 47 49 1 gd_4 45 47 49 51 1 gd_19 47 49 51 53 1 gd_20 49 51 53 55 1 gd_4 51 53 55 64 1 gd_19 53 55 56 57 1 gd_17 53 55 64 66 1 gd_20 55 56 57 58 1 gd_17 56 57 58 59 1 gd_17 57 58 59 60 1 gd_17 58 59 60 61 1 gd_14 55 64 66 68 1 gd_4 64 66 68 81 1 gd_19 66 68 69 70 1 gd_17 66 68 81 83 1 gd_20 68 69 70 71 1 gd_20 68 81 83 85 1 gd_4 81 83 85 91 1 gd_19 83 85 86 87 1 gd_17 83 85 91 93 1 gd_20 85 86 87 88 1 gd_17 86 87 88 90 1 gd_20 85 91 93 95 1 gd_4 91 93 95 108 1 gd_19 93 95 96 97 1 gd_17 93 95 108 110 1 gd_20 95 96 97 98 1 gd_17 96 97 98 99 1 gd_17 97 98 99 101 1 gd_19 98 99 101 102 1 gd_4 99 101 102 103 1 gd_4 99 101 105 106 1 gd_4 95 108 110 112 1 gd_4 108 110 112 120 1 gd_19 110 112 113 114 1 gd_17 110 112 120 122 1 gd_20 112 113 114 115 1 gd_17 113 114 115 117 1 gd_20 114 115 117 118 1 gd_4 112 120 122 124 1 gd_4 120 122 124 132 1 gd_19 122 124 125 126 1 gd_17 122 124 132 134 1 gd_20 124 125 126 127 1 gd_20 124 132 134 136 1 gd_4 132 134 136 141 1 gd_19 134 136 137 138 1 gd_17 134 136 141 143 1 gd_20 136 137 138 139 1 gd_17 137 138 139 140 1 gd_13 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 5 1 14 6 2 gi_2 14 5 16 15 2 gi_1 16 14 18 17 2 gi_1 18 16 24 19 2 gi_2 20 23 22 21 2 gi_1 24 18 26 25 2 gi_1 26 24 28 27 2 gi_1 28 26 33 29 2 gi_2 28 32 30 29 2 gi_2 33 28 35 34 2 gi_1 35 33 37 36 2 gi_1 37 35 39 38 2 gi_2 39 37 41 40 2 gi_1 41 39 43 42 2 gi_1 43 41 45 44 2 gi_2 45 43 47 46 2 gi_1 47 45 49 48 2 gi_1 49 47 51 50 2 gi_2 51 49 53 52 2 gi_1 53 51 55 54 2 gi_1 55 53 64 56 2 gi_2 64 55 66 65 2 gi_1 66 64 68 67 2 gi_1 68 66 81 69 2 gi_2 69 73 71 70 2 gi_1 70 71 75 79 2 gi_1 70 73 77 79 2 gi_1 71 70 75 72 2 gi_1 71 70 73 77 2 gi_1 71 75 79 77 2 gi_1 73 70 77 74 2 gi_1 73 70 71 75 2 gi_1 73 77 79 75 2 gi_1 75 79 71 76 2 gi_1 77 79 73 78 2 gi_1 79 75 77 80 2 gi_1 81 68 83 82 2 gi_1 83 81 85 84 2 gi_1 85 83 91 86 2 gi_2 87 90 89 88 2 gi_1 91 85 93 92 2 gi_1 93 91 95 94 2 gi_1 95 93 108 96 2 gi_2 99 98 101 100 2 gi_1 99 105 102 101 2 gi_1 101 104 103 102 2 gi_1 101 107 106 105 2 gi_1 108 95 110 109 2 gi_1 110 108 112 111 2 gi_1 112 110 120 113 2 gi_2 114 117 116 115 2 gi_1 115 119 118 117 2 gi_1 120 112 122 121 2 gi_1 122 120 124 123 2 gi_1 124 122 132 125 2 gi_2 125 128 127 126 2 gi_1 126 128 130 129 2 gi_1 126 127 129 130 2 gi_1 127 129 130 128 2 gi_1 127 126 128 130 2 gi_1 128 126 127 129 2 gi_1 130 128 129 131 2 gi_1 132 124 134 133 2 gi_1 134 132 136 135 2 gi_1 136 134 141 137 2 gi_2 141 136 143 142 2 gi_1 ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif ; Include water topology #include "spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include generic topology for ions #include "ions.itp" [ system ] ; Name Protein [ molecules ] ; Compound #mols Protein 1